生物肥料按施肥中所起作用的微生物种类可分为6类：(1)根瘤菌肥料；（2）固氮菌肥料；（3）真菌菌剂；（4）解磷微生物肥料；（5）硅酸盐细菌肥料（6）EM菌肥。
生物肥料的作用包括：生物肥施入土壤后，生物菌能很快繁殖，形成群体优势，分解土壤中被固定的和不可利用的氮、磷、钾，固定空气中的游离氮，供作物吸收利用。生物活性菌与有机质、无机营养相结合，不仅可以调节作物根系土壤微生物的生态环境，还可以增加土壤中有益微生物的种群和数量，可自行调节生理过程，促进植物生根、出苗、提早熟、提高植物的抗逆性、具有抗病、抗旱、抗倒伏作用。合理利用生物肥对促进增产增收益处颇多。