生物肥料可以作基肥、追肥，可沟施或穴施，也可用来拌种、浸种、蘸根或叶面喷施，具体因菌肥类型而异。
农用菌型每亩用2公斤固态菌剂与40~60公斤腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗；将固态菌剂与营养土掺匀制作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根；播前将种子浸入10～20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿。使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种；幼苗移栽前将根系浸入稀释10～20倍的液态菌剂中，然后立即取出，或用上述稀释液喷湿幼苗根系；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施；将菌剂稀释500倍作叶面肥。
复合微生物肥可作基肥和追肥，每亩施用量10～20公斤；稀释500倍作叶面肥，按产品说明书要求喷施。
生物有机肥可作基肥和追肥，作基肥时每亩施用量约100公斤，最好配施适量农家肥；作追肥用量适当减少，比化肥提前7～10天施入，且应配施适量化肥。
此外，当土壤氮、磷、钾养分含量较高或大量施用氮、磷、钾化肥时，根瘤菌、解磷、解钾菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用过量就会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放；不要与大量化肥或酸碱性化肥混施；土壤过酸、过碱成干旱都影菌肥效应发挥。