由于脱硝系统安装在省煤器和空预器之间属于高尘布置，烟气中灰尘含量大，加之进行配煤掺烧，煤质较设计煤种偏差较大，烟尘量进一步增加，造成脱硝出口NOX表计频繁堵塞，导致指示不准确，经常出现出口NOx含量高于入口的情况，影响脱硝效率的计算，要维持规定的脱硝效率，必然导致氨气消耗量大幅上升。
烟气含尘量多，激光镜片上积灰严重，导致氨逃逸率表计的透光率大幅下降，氨逃逸率表计指示不准频繁跳变，严重影响脱硝系统的正常运行，且无法正常反映催化剂的反应情况。
脱硝系统催化剂积灰严重，脱硝阻力增加，最严重时阻力达800Pa,超过正常值200Pa。
在负荷低于200MW以下时，脱硝入口烟气温度低于300℃，由于脱硝系统逻辑设计不合理，脱硝无法自动停运，因此在监视不到位的情况下，脱硝依然运行。此时，由于烟温低，催化剂活性低导致与氨气反应的效果差，氨气逃逸率高，硫酸氢氨形成量增加，硫酸氢氨沉积在催化剂表面，在空气预热器换热管上冷凝析出晶体物质，与烟尘粘结一起沉积，降低了催化剂的活性并影响催化剂寿命，增大了空预器的换热阻力并增加了堵塞、腐蚀的风险。
在调整喷氨流量时氨气流量波动大极易造成喷氨流量快速增加，使得空氨比快速升高，导致脱硝跳闸，严重影响脱硝系统的正常运行并降低脱硝的投运率和安全性。在运行中为控制脱硝效率，使得脱硝出口NOx含量远远低于国家标准，使得氨气消耗量大，增加了脱硝运行的费用，降低运行经济性。