有机蔬菜种植中主要施施优质有机肥，农作物秸秆和畜禽粪便是沤制有机肥的上等原料。农作物秸秆粉碎后加入速腐剂，堆垛，表面用泥封平，使发酵温度维持在25℃—45℃，一般25天左右即可沤制成肥。
每亩日光温室蔬菜可深施充分腐熟的有机肥16-20立方米，分两次施入（第一次施入2/3第二次施入1/3），施后浇透水1次。3年以上的蔬菜田，当土壤pH值小于6时，每亩分两次施入80公斤石灰粉，浇水中和土壤；当土壤pH值大于7时，每亩分两次施入50公斤石膏粉，浇水中和土壤。
要增施微肥。有机蔬菜生产施用微肥，可使蔬菜优质高产，但微肥施用量要适当，施用量过大会对蔬菜产生危害。酸性微肥如硫酸亚铁每亩用量不能超过3.5公斤，硫酸锰每亩用量不能超过2公斤；碱性微肥如硫酸铜每亩用量不能超过2公斤，硼砂每亩用量不能超过1.25公斤，硫酸锌每亩用量不能超过1.25公斤；中性微肥如硫酸镁每亩施0.5公斤即可。
要慎用化肥。硝酸铵和其他硝态氮肥一般不宜施用于蔬菜。叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥。氯化铵、氯化钾等含氯化肥不宜施用于番茄、马铃薯、胡萝卜、白萝卜、红薯、山药、球茎香等。