生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
1、生物有机肥与化肥相比：
生物有机肥营养元素齐全,能够改良土壤提高产品品质,改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力,促进化肥的利用，提高化肥利用率。
2、生物有机肥与精制有机肥相比：
生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗，经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生，
3、生物有机肥与农家肥的区别：
生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上，而且生物有机肥施用方便，均匀。
4、生物有机肥与生物菌肥的区别：
生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放，而且生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活
生物有机肥的生产工艺主要是其中有机肥从生产原料到半成品的生产工艺。
目前在生产上主要应用的生产工艺有两种，一种是平面条垛式堆肥工艺，一种是槽式好氧发酵工艺。
1、平面条垛式堆肥工艺
优点：投资小、工艺相对简单
缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。
2、槽式好氧发酵工艺
优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小
缺点：设备投入大、投资大