一、防止病苗弱苗入池 在运输前一定要严格挑选出健康苗。无病无伤，游动活泼，将苗种腹部朝天放在地上，能很快翻身，放入水中立即沉入水底爬行的为健康苗；若很快浮到水面则表示肺弱，逆水能力差，为劣质苗种。鳖体受伤、畸形、反映迟钝尤其是腹甲发红充血的苗种，均不能装运。当年上市苗种体重要求50克/只以上，用作孵化的亲鳖体重应在1公斤/以上，使其多产蛋、产好蛋，为孵化健康水鱼苗创造条件。
二、防止互相咬斗 水鱼有相互咬斗的习性，因而不能把水鱼较长时间密集在一起，否则咬伤了就很易引起烂皮、水霉菌寄生等多种疾病。为此，装运前水鱼先放在竹筐或木箱内用木板隔成若干个小区，以控制水鱼活动，在箱底铺上稻草、水花生、假水仙等水生植物，再加盖扎紧后使其不能动弹，才能进行运输，箱的四周和底须穿密密的小孔，便于喷水进箱内，保持湿润。
三、防车内干燥 水鱼是爬行动物，用肺呼吸空气，但若离水时间较长，也会影响存活，因此在运输时要经常洒水，保持车厢和水鱼外壳湿润，防止干燥。
四、防粪便污染 在气温超过20℃以上装运水鱼时，要在运输前停食2—3天，使其装运前排清粪便，以减少对包装工具的污染，保持相互间清洁卫生，避免感染细菌和病毒。到目的地后要进行鱼体消毒，一般用木桶盛水，每百公斤水用7公斤食盐或10克高锰酸钾溶解后，把一筐筐水鱼浸泡3—5分钟，即可放入池内放养。