有机肥、无机肥单独使用，各有优点，如果将二者同时使用或交替使用，可发挥两类肥料的优点，互相弥补缺点。
根据肥料的性质，有些肥料可以混合使用，混合后双方优点互补，增进肥效，如无机的过磷酸钙肥料和有机的肥料混合使用就是一例。有些肥料则不能混合使用，如果盲目使用，就可能劳力费神，肥效降低甚至毒害鱼类，如磷肥与石灰、草木灰等强碱性物质混合时，则生成了不溶性的磷酸三钙，影响肥效，这类肥料就不能混合使用。
各种肥料是否可以混合使用，主要取决于它们本身的性质。一般而言，酸性肥料和碱性肥料不宜混合使用；混合后产生气体逸出或产生沉淀而使养分损失的不宜混合使用；影响双方肥料有效成分稳定性的不宜混合使用；混合后产生有毒物质等，毒害鱼类、破坏水质的肥料不宜混合使用。