当反渗透膜元件发生了氧化、背压和机械性等不可恢复性的损坏，或者随着使用年限增长产生性能的自然衰减时，反渗透系统通过在线、甚至离线的化学清洗仍无法满足系统的脱盐率和产水量的要求，我们认为就需要进行膜元件的更换。
通过对反渗透膜进行性能评价，可以确定一个经济安全的膜元件更换方案。反渗透膜元件的性能评价可以通过在线的探针或离线的平台测试来确认系统中每一支膜元件的性能现状。 通常一个水处理系统的更换计划会在3~5年内完成，每一年可以通过性能评价来确定更换部分膜元件，以保证水处理系统优异的性能表现。如果不是进行逐年的更换，而是选择在3~5年后进行全部更换，虽然更换的膜元件数量一致，但对于每一年系统的维护可能会花费更多的药剂与其他成本。所以我们推荐水处理系统进行每一年的部分更换计划。
如果有足够多的新的膜元件可供替换，第一种方案肯定是最佳的选择；第二和第三种方案相对来说比较经济与安全，尽管新旧膜元件之间存在着压力降的不同，但是如果系统流量保持平衡，对整个系统不会产生不利影响；采用第四种方案的情况下，使用旧膜元件的压力容器比使用新膜元件的压力降较高，因此每次调整之后旧膜元件的回收率会比正常情况下高，这样可能会导致新问题的出现，如新膜元件容易污堵。