在RO项目的运行过程中，污堵或结垢会造成反渗透系统压差上升，如果不及时清洗，就会造成脱盐率降低以及产水量下降，而当压差上升到一定的程度，还会造成反渗透膜元件格网冲出、玻璃钢外壳破损等无法挽回的损失。一般建议及时对反渗透系统进行化学清洗，而通常的矛盾在于因为提高化学清洗频率会造成化学清洗成本增加。其实有一个容易被业主忽略的地方，那就是当系统压差上升时，会额外造成高压泵的电耗。
通过比较不同清洗频率下的药剂成本和电耗成本，我们可以发现在系统的总运行成本中，药剂成本所占的比重是很小的（约占20-30分之一），所以相比较电耗成本的增加，适当的化学清洗非但不会导致运行成本的上升，还可以防止反渗透系统性能的下降，还能有效的减少能耗投资。所以应该科学的进行化学清洗，而在一些更加恶劣进水条件的项目中，不仅需要合理的清洗周期，而且应该使用强化清洗的方法，及时帮助系统恢复状态，更加安全可靠的运行。